Discapacitados sin organismo

Hasta ahora, la ANDIS tenía autarquía funcional y presupuestaria, y se dedicaba al diseño y gestión de políticas de discapacidad, entre ellos el otorgamiento de pensiones por invalidez y certificados por discapacidad. Entre 2023 y 2025, los fondos destinados al organismo cayeron 18,2% real y los montos asignados a las pensiones perdieron un 17,7%.
El anuncio fue realizado por el jefe de Gabinete, Manuel Adorni, quien en conferencia de prensa aseguró: «Al formar parte del Ministerio de Salud, las políticas de discapacidad se van a administrar de manera transparente con mecanismos de control y sin discrecionalidades».
En septiembre de 2025 el Congreso sancionó una ley para declarar la emergencia en discapacidad (con el objetivo de actualizar las partidas para el área). Y si bien rechazó el veto del Poder Ejecutivo, el Gobierno dispuso no aplicar la norma por no contar con fuentes de financiamiento. 

Coimas

En agosto de 2025 se difundieron audios atribuidos al entonces titular de la ANDIS, en los que se denunciaba un presunto sistema de coimas con proveedores de medicamentos. El caso es investigado por la Justicia Federal que imputó a funcionarios del actual gobierno. 
La causa que investiga el presunto circuito de coimas en la ANDIS , en su dictamen, el fiscal Picardi aseguró que «la agencia fungió como una ventanilla de pagos millonarios, permanentes y direccionados, adjudicados en procedimientos fuera del marco legal que no garantizaban los principios de concurrencia, publicidad ni transparencia; como una ventanilla de pagos con sobreprecios en beneficio de proveedores con vínculos con funcionarios al mando; y, además, como una ventanilla administrada o co-gestionada por agentes externos con fuerte influencia en el sector de salud, especialmente droguerías y firmas de insumos de alto costo».